A Aquaponia é o sistema que une a produção de peixes e plantas na mesma estrutura. Em um reservatório são produzidos os peixes e seus resíduos são utilizados como nutrientes para as plantas. As plantas e o material suporte das mesmas (substrato) servirão como uma espécie de filtro, fazendo com que a água, agora filtrada, retorne para o mesmo reservatório onde estão os peixes, ou seja, é um sistema de ciclo fechado. Os produtos Bakof que podem ser utilizados nesse tipo de sistema são as caixas auto-limpantes, os reatores anaeróbios e os filtros.
As caixas auto-limpantes são reservatórios em fibra de vidro, com fundo côncavo e saída no fundo da caixa. Dessa maneira, os resíduos sólidos orindos dos peixes sedimentam e podem removidos com maior facilidade, sendo essa matéria orgânica utilizada de forma mais concentrada pelas plantas. Os reatores anaeróbios podem ser utilizados para um tratamento prévio dos resíduos antes de servirem de adubo para as plantas, pois nesse equipamento há a transformação da matéria orgânica bruta em componentes que são utilizados como nutrientes pelas plantas, como nitrogênio e fósforo, através da atuação de um lodo denso e com elevada atividade microbiana que se forma no fundo desses reatores. Já os filtros biológicos também atuam na transformação da matéria orgânica e disponibilização de nutrientes para as plantas, porém, diferente dos reatores anaeróbios, através da formação de biofilme bacteriano que cresce no material utilizado como meio suporte.